Samarkanda, latach 1369 -1488 była stolicą wielkiego imperium Timura i jego potomków. W tamtym czasie słynęła jako ośrodek kultury, sztuki i nauki, z wyższymi uczelniami i obserwatorium astronomicznym.
XIV - XVI wiek to epoka, gdy państwo emira Samarkandy Timura przewyższało rozmiarami i ludnością cesarstwo rzymskie. W stolicy zdobywcy rozwijało się budownictwo meczetów, hal targowych i mauzoleów, wykładanych glazurowanymi płytkami ceramicznymi. Od 1500 r. Samarkanda znalazła się pod władzą uzbeckich Szejbanidów, którzy w XVI w. przenieśli swą stolicę do Buchary.
Pisarze arabscy nazywali Samarkandę Edenem starożytnego Wschodu, drogocenną perłą i źrenicą ziemi. Najstarsza część Samarkandy leży nieco na północ od obecnego miasta. Tu właśnie istniało wymienione w literaturze w IV w p.n.e. miasto Marakanda, świadek pochodów Aleksandra Macedońskiego.