Buchara to jedno z najstarszych miast Azji Środkowej. Czas powstania miasta nie jest znany. W dokumentach Buchara wspomniana jest już w II w. p.n.e. pod nazwą Pu-Cho, później Nu-Mi. Według niektórych źródeł nazwa Buchara pochodzi od sanskryckiego wihara czyli klasztor, miejsce kultu.
Od niepamiętnych czasów docierały tu karawany ze wszystkich stron świata. Łączyły one miasto silnymi więzami z Persją, Rosją, Chinami i Indiami. Od końca IX w. Buchara trwała jako stolica państwa Samanidów i ognisko kultury nowoperskiej. Wiek X to jeden z kilku okresów rozkwitu Buchary. Miasto skupiało wówczas wielu wybitnych uczonych, pisarzy, architektów i artystów. Mieszkał tu m.i. Ibn Sina, znany jako Awicenna (980-1037), tadżycki lekarz, filozof, przyrodnik i poeta.